Die Altäre wurden im Jahre 2000 restauriert und erstrahlen nun wieder in altem Glanz. Der mächtige frühbarocke freistehende Hochaltar mit sarkophagförmiger Mensaverkleidung wurde um 1670/80 von der Kremser Werkstatt des Matthias Schwanthaler mit Statuen ausgestattet. Das betrifft die über den seitlichen Umgangstüren, außerhalb der Säulen, befindlichen lebensgroßen, vergoldeten Statuen der hl. Petrus und Paulus, die auf den Sprenggiebeln im Aufsatz stehenden Figuren der hl. Barbara (mit Turm) und hl. Katharina (mit Rad), sowie das den Altar krönende vergoldete Doppelkreuz mit einem von vier Engeln begleitenden Strahlenkranz. Das von je zwei Säulen flankierte Altarbild von Georg Albert Punz zeigt die Anbetung des Jesuskindes durch die Weisen. Die Rokokokartusche darüber, die wie das große Gemälde und einige Engelsfiguren der Renovierungsphase von 1766 entstammt, verkündet ebenfalls die frohe Botschaft von der Menschwerdung des Gottessohnes, die der Verherrlichung Gottes dient und den Menschen Frieden verheißt. Das Aufsatzbild stellt den Kirchenpatron St. Nikolaus dar und dürfte noch aus dem 17. Jahrhundert stammen. Der Tabernakel wurde 1873 erneuert und damals wurde wohl auch die bestehende Marmorierung des Altares aufgetragen.
Das Altarbild auf dem rechten Seitenaltar wurde um 1877 vom P. Bruno Pachdesel, Kapitular des Stiftes Melk, gemalt. Es stellt den hl. Josef mit dem Jesuskind dar. Die Engel, die die Hauptfiguren umringen, erzählen mit ihren Attributen vom Erlösungswerk Christi (Geburt: Gloria-Spruchband – Passion: Schweißtuch, Kreuz, Dornenkrone – Auferstehung: Siegesfahne). Seitlich befinden sich die vergoldeten Statuen der hll. Katharina und Barbara, über dem Gesimse solche des hl. Johannes d. T., sowie eines fürstlichen bzw. ritterlichen Heiligen. Der Altaraufbau deutet mit seinen noch der Spätrenaissance verpflichteten Formen auf die Entstehung um etwa 1620/30 hin. Das ursprüngliche Altarbild aus dieser Zeit, das noch im Pfarrhof aufbewahrt wird, zeigt die Aufnahme Mariens in den Himmel.
Im Jahre 1867 wurde für den linken Seitenaltar an Stelle des schon schadhaften Altarblattes „Maria Verkündigung“ ein neues Bild, darstellend die „Unbefleckte Empfängnis Mariä“ (nach Murillo), gemalt von P. Bruno Pachdesel, angeschafft. Auf dem Aufsatz verblieb das alte Gemälde „Gott Vater mit der Weltkugel“. Man kann annehmen, dass auf dem früheren großen Altarbild bei der klassischen Verkündigungsszene neben Maria und dem Erzengel Gabriel auch der Hl. Geist in Gestalt der Taube dargestellt war: Christus wurde durch den Hl. Geist, wie wir im Credo beten, Mensch, und zwar im Auftrag des Vaters; so war also ursprünglich hier das Heilswirken des dreifaltigen Gottes dargestellt. Wie eine im Pfarrarchiv befindliche Notiz meldet, wurde der Altar im Jahre 1670 zur Ehre Gottes, für das Seelenheil und zur immerwährenden Gedächtnis des verstorbenen Pflegers der Herrschaft Emmersdorf und Raxendorf sowie Mauthners zu Emmersdorf, Andre Lüchtl angefertigt. Der so genannte Korpelwerdekor ist deutliches Zeichen für diese Entstehungszeit.
Der Johannesaltar stand einst rechts ober den Stufen zum Presbyterium gegenüber der Sakristeitür. Bei der Kirchenrenovierung im Jahre 1902 wurde der Rokoko-Aufbau (um 1760/ 70), da er aus damaliger Sicht nicht zu den übrigen Altären passte, entfernt. Das stark übermalte Altarbild, die Verherrlichung des hl. Johannes von Nepomuk darstellend, befindet sich heute an der rechten Wand des Presbyteriums. Die beiden Statuen, die Kirchenväter Gregor d. Gr. mit Papstkrone und Augustinus mit Herz auf Buch darstellend, stehen heute an den Pfeilern des Mittelschiffes. Die Mensaverkleidung mit dem Tabernakel kam in die Turmkapelle. Dort verdeckt sie den gemauerten Altarblock, der an der Vorderseite die Grabinschrift des Pfarrers Praher trägt, der unter der Kapelle begraben liegt.
Der Volksaltar aus Eichenholz mit Ambo und Session wurde im Jahre 1977 nach Entwürfen von Arch. Norbert Gruber errichtet. Er orientiert sich an den achteckigen gotischen Kirchenpfeilern.
Die prächtige, mit Putti und vergoldeten Rocaillen überreich verzierte Rokokokanzel aus braungrün marmoriertem Holz, oben von der Hl.-Geist-Taube in Strahlenglorie gekrönt, ist ein Werk des Tischlermeisters Christian Kurzmann aus Zwettl und wurde im Jahre 1771 angefertigt.
Gemälde und Statuen
Die Kreuzwegbilder stammen aus dem Jahr 1824; ein Kremser-Schmidt-Schüler, wahrscheinlich Anton Mayer, hat sie gemalt. Im nördlichen Seitenschiff befinden sich noch zwei weitere Gemälde, nämlich die „Unterweisung Mariens durch ihre Eltern Anna und Joachim“ aus dem 18. Jahrhundert sowie die Kopie des Dreifaltigkeits-Gnadenbildes vom Sonntagberg aus dem 19. Jahrhundert. In der Sakristei wird ein großformatiges Herz-Jesu-Bild (Nazarenerstil, Ende d. 19. Jhdts.) aufbewahrt.
Neben den bereits erwähnten Statuen der Kirchenväter Gregorius und Augustinus stehen heute noch die Figuren des hl. Sebastian (mit Pfeilen) und des hl. Florian (ein brennendes Haus löschend), an den Langhauspfeilern. An der Orgelbrüstung sind die Statuen des hl. Leonhard (mit Kette) und des hl. Donatus (mit Blitz) angebracht. Gegenüber der Kanzel befindet sich eine im Grödnertal geschaffene, aus der Mitte d. 18. Jhdts. stammende, mit reich drapiertem Baldachin geschmückte Pieta-Skulptur. Neben dem Josefialtar ist ein im Jahre 1975 von einem Holzschnitzer aus Oberammergau geschaffenes Lindenholzrelief, den hl. Nikolaus als Patron der Seefahrer und Schiffer darstellend, angebracht.
Auf der linken Seite des Presbyteriums ist ein lebensgroßes Kruzifix aus dem 17. Jahrhundert zu sehen. Der etwas unproportionierte Corpus scheint noch spätgotische Vorbilder nachzuahmen. Wirklich spätgotisch hingegen ist das kleine Kruzifix über dem Taufbecken.
