Wie Funde aus der Jungsteinzeit (5000 – 1800 v. Chr.), der Bronzezeit und der Römerzeit beweisen, war unsere Gegend in alter Zeit schon besiedelt. Der Ort Emmersdorf am Donaustrom, an einer wichtigen Überfuhrstelle gelegen, hatte sicher eine große Bedeutung. Die älteste Urkunde über Emmersdorf stammt aus dem Jahre 1133. Am 17. November 1259 verlieh König Ottokar von Böhmen als Herzog von Österreich seinen Untertanen in Emmersdorf die gleichen Rechte auf der Donau und anderen Gewässern, wie sie die Städte Krems und Stein genossen.
Eine Eisenniederlage in Emmersdorf versorgte zu Beginn des 16. Jahrhunderts das Gebiet zwischen Krems und Sarmingstein mit Schmiedeeisen aus Steyr. Während des großen Bauernaufstandes im Jahre 1596 war Emmersdorf der Hauptversammlungsplatz der aufständischen Bauern. An den Hauptanführer der rebellischen Bauern, den Emmersdorfer Schneider Georg Prunner, erinnert ein Denkmal am Marktplatz.
Emmersdorf gehörte um 1000 herum zur „provincia Witenekke“, der Grafschaft Weitenegg, die im Wesentlichen die Altpfarre Weiten umfasste. Bis etwa 1150 hatten die Herren von Peilstein in der Nähe von St. Leonhard am Forst diese Grafschaft inne. Da die Nikolauskirchen in Ruprechtshofen und Konradsheim nachweislich auf die Peilsteiner zurückgehen, liegt die Annahme nahe, dass sie auch die Gründer der Kirche in Emmersdorf mit ihrem Nikolauspatrozinium waren. Es handelt sich dabei um jene kleine romanische Kirche, deren Fundamente 1970, bzw. 1983 entdeckt wurden und in die Zeit nach 1100 datiert werden. Damals war der Peilsteiner Heinrich Bischof von Freising (1098 – 1134). Die Prämonstratenserabtei Neustift bei Freising („Neuzell“ ist heute nicht mehr geläufig bzw. war es nie wirklich; der heutige Stadtteil von Freising wird zumindest heute nur als „Neustift“ bezeichnet) hatte Besitzungen bei Ebersdorf und am Weitenbach.
Emmersdorf um 1670
Unter Bischof Albert von Passau (1320 – 1342) wurde Emmersdorf am 13. Dezember 1336 von der großen Mutterpfarre Weiten abgetrennt und zur selbständigen Pfarre erhoben. Zur neuen Pfarre Emmersdorf gehörten die Dörfer Emarstorf, Hofamt, Rewt (Reith), Gossam, Grimsing, Schallemarstorf, Hewn (Hain), St. Jörgen (St Georgen), Rantenberg, Pömbling, Molesdorf und Geierstetten (der Ort Fahnsdorf kam erst am 14. Juli 1779 von Maria Laach zur Pfarre Emmersdorf). Im Jahre 1461 wurde die Pfarre dem Kollegiatstift Mattighofen inkorporiert. Am 16. November 1589 erwarb Ferdinand Albrecht Freiherr von Hoyos die Herrschaft Persenbeug und mit ihr das Patronat über die Pfarre Emmersdorf und förderte in der Folgezeit das neu erstarkende katholische Leben in der Umgebung nachhaltig. Die Familie Hoyos verkaufte am 3. Dezember 1800 die Herrschaft Persenbeug an Kaiser Franz I., und die Pfarre Emmersdorf kam unter die Hoheit des k. u. k. Familienfonds. Mit dem Ende der Monarchie ging das Patronat auf die Österreichischen Bundesforste über, die mit Dekret vom 3. März 1975 auf die Rechte und Pflichten des Patronats über die Pfarre Emmersdorf verzichteten. Die Pfarre Emmersdorf ist nun mit allen Belangen direkt dem Bischof unterstellt.
